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①觀察對像必須是可自發熒光或已被熒光染料染望遠鏡色的標本；
②載玻片、蓋玻片及鏡油應不含自發熒光雜質；
③選用最好的濾片組；
④熒光顯微鏡標本一般不能長久保存，若持續長霎時間照射(尤其是紫外線)易很快褪色。因此，如有條件則應先照相存檔，再仔細觀察標本；
⑤啟動高壓汞燈後，不得在1放大鏡5分鐘內將其關閉，一經關閉，必須天文望遠鏡待汞燈冷卻後方可再開啟。嚴禁頻繁開閉，否則，會大大降低汞燈的壽命；
⑥若暫金相顯微鏡不觀察標本時，可拉過阻光光簾阻擋光線。這樣，即可避免對標本不必要的長時間照射，又減少了開閉汞燈的頻率和次數；
⑦較長時間觀察熒光標本時，最好戴能阻擋紫外光的護目鏡，加強對眼睛的保護。
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